Episodeguide: Sesong 1 | Sesong 2 | Sesong 3 | Sesong 4 | Sesong 5 | Sesong 6
Episode 56 Pandora's Box
Ett lite jetfly med fem personer ombord kolliderer med en fjelltopp og alle de fem ombord omkommer. Skogvokter Phil Hadwin er første mann på stedet og han blir skutt av en person som tydligvis har ventet på stedet.
Agent Edgerton finner den sorte boksen og den viser at flyets computer faktisk viste 4000 fot feil, det forklarer styrten og ikke minst hvordan han som skjøt skogvokteren kunne vite at flyet kom til å styrte nøyaktig der det styrtet.
Charlie trenger flyets computer for å gjøre ytterligere analyser og han gjør beregninger for å finne den, men bommer med beregningene. Han finner da ut at flyet var ett halv tonn tyngre enn de regnet med og at det halve tonnet er forsvunnet. De tar en prat med eieren av våpenteknologiselskapet som eide flyet og han forteller at det var en prototype på en Scramjet ombord. FBI vil også snakke med selskapets mekaniker John Wellner, men han er forsvunnet. En bakgrunnsjekk viser at han har pleiet kontakt med narkosmugleren Morales og han mistet sin forrige jobb etter kokainmisbruk
Inni computeren finner de fingeravtrykkene til Mike Daley som jobber i selskapets itavdeling. Han prøver å stikke men blir arrestert. Han hevder at hvis han gjorde noe galt så gjorde han det ikke med vilje, han handlet på oppdrag fra Wellner som var for feit til å komme inn i nesen på flyet.
Colby, David og Edgerton går igjennom Wellners søppel og finner en kvittering på at han har leid ett lagerrom. Her finner de Scramjeten og de finner også Wellner død, skutt med samme våpen som skogvokteren.
Charlie som har undersøkt flyets computer finner ut at den hadde ett "virus", som smittet luftfartsverkets system da den ble tilkoblet for sjekk, og han mener at det var grunnen til at flyet ble styrtet, ikke Scramjeten som bare ble satt på lager og ikke videresolgt. Han undersøker "viruset" nærmere og finner ut at det er ett program som kan "gjemme" flytyper fra radaren. Han finner også ut at det er skrevet av Mike Daley.
Mike blir tatt inn til nytt avhør og han identifiserer Wellners venn, Morales, som oppdragsgiveren. David truer med å sende han til Guatanamo hvis han ikke samarbeider og han går med på å ha på seg mikrofon og møte Morales
Under møtet røper Mike seg når han forteller Morales at han vet hva som skjedde med Wellner og Edgerton har ikke noe annet valg enn å skyte Morales.